La cripta, ristrutturata in occasione del 50° anniversario della morte di Papa Giovanni, è il luogo più intimo e intenso di questo viaggio nella fede. Il calco, in bronzo dorato, del volto e della mano del Papa, eseguito subito dopo la sua morte da Giacomo Manzù, e il crocifisso, posto innanzi come Lui lo volle nella sua stanza da letto, sono il testamento che siamo invitati a contemplare e a pregare per divenire come Lui veri discepoli di Gesù di Nazaret, unico salvatore del mondo.